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但随着人类活动的增加，野生扬子鳄的栖息地不断丧失。今天，在野生扬子鳄的历史分布区内，已几乎没有天然湿地存在。就目前所知，野生扬子鳄仅分布于安徽省南部和浙江省西北部很小的一片狭长地带内。其数量也急剧减少，在２０世纪６０年代，安徽省尚有３０００多条，到８０年代已下降到不足６００条，而目前安徽省野生扬子鳄的总数估计仅为１４３条。
这项研究还表明，野生扬子鳄的繁殖能力也比以前大为降低。专家分析说，从调查情况看，目前野生扬子鳄都是以非常小、相互隔离的群出现的，最大的群由１０－１１条组成，绝大多数仅有２－５条，而且每个群往往仅有一条雌鳄鱼。这种情况使得相互孤立状态的野生扬子鳄种群难以得到新的个体补充，也就无法产生新的繁殖群体，进而导致种群繁殖力的下降。另外，由于许多扬子鳄保护点的池塘被稻田包围或与沟渠相通，大量农药、化肥的使用也会对野生扬子鳄的生存环境及生理活动产生不利影响。
参与此次调查研究的中外专家认为，如果不进行扬子鳄栖息地的扩大和重建，并在此基础上扩大扬子鳄野生种群规模，扬子鳄野生种群将在随后１０年内出现功能性丧失（不能成功繁殖），最终将灭绝。即将启动的中国扬子鳄野生种群恢复工程，就是避免出现这种局面的一个具体措施。
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