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在槟城蝴蝶园里还有一个被称为蝴蝶博物馆的部分。在这部分的介绍里说明该部分主要用于教学。这个博物馆是马来西亚第一座蝴蝶博物馆，主要介绍的是蝴蝶的起源、进化和分类以及昆虫对环境的拟态适应。
蝴蝶的种类繁多，颜色各异，特点鲜明，色调丰富，不仅为普通人所喜爱，为文人墨客所吟咏，而且在科学研究方面也起到了重要的作用。历史上有名的生物学家都对蝴蝶给予了极大重视，例如对蝴蝶形态的研究给瑞典生物学家林奈创立自然分类系统以有益的启示；对马来半岛蝴蝶的考察，英国生物学家华莱士发现了很多蝴蝶具有鲜明的警戒色，惟妙惟肖的保护色，特别是凤蝶类所具有的美丽的色斑和优雅的姿态，从而丰富了达尔文的自然选择学说和性选择学说；前苏联生物学家施万维奇根据蝴蝶斑纹的研究提出了现代迷彩理论等等。
这个博物馆有大约600种蝴蝶和800种甲虫以及其他各类的昆虫。博物馆里保存了不少的大型蝴蝶、竹节虫、树叶虫。如产于印度尼西、马来西亚和菲律宾的凤蝶，它体形硕大，飞行时体态优美，而且飞行能力强。还有红斑大凤蝶、奥斯卡凤蝶、富比世凤蝶、欧燕诺凤蝶、泰帝士凤蝶和干伯理士凤蝶等还有广泛分布于印度尼西亚、马来西亚、大洋洲等地大琉璃凤蝶，雄蝶的翅膀其蓝色面积宽，并有金属光泽，雌蝶的翅膀则略为暗淡。另一种颜色亮丽的凤蝶，在它们翅膀上有一块琉璃般蓝绿色的色斑，与孔雀的羽毛光泽相近，因此又称为孔雀蝶
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