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由踝节类等古老的有蹄类进化而来的，并且在第三纪中期时达到了其进化史的顶点，在世界上大部分地区盛极一时，以后便开始逐渐衰退，成为哺乳动物中走向衰亡的一个类群。
奇蹄目动物从类似始祖马的原始祖先类型开始，主要向着三个不同的方向进化。一支是马形动物为主干的进化路线，包括绝灭了的古兽类、雷兽类和一直到现代生存的马类；另一支是向着有角的方向发展，包括貘类和犀牛类等；此外还有一支是向有爪的方向发展，包括已经绝灭的爪蹄兽类等。
马类的进化主干是从始新世的始祖马一直到现代的马，它们在漫长的进化历程中的发展趋势是体型逐渐从小到大，腿和脚变得越来越长，侧趾逐渐退化，中趾不断加强，齿冠越来越高，前臼齿由简单到复杂并且逐渐臼齿化。这个发展趋势也反映了从适应于森林生活到逐渐适应草原生活的过程，即从跳跃到奔跑、从吃树木的嫩叶到吃粗糙的草类的过程。
现生的奇蹄目动物包括8种马类、4种貘类和5种犀牛类，分布于亚洲、欧洲、非洲、北美洲和南美洲。
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