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植物根茎，整个冬天都继续挖掘隧道。
从洞中挖出的呈扇形的小土堆是表明北囊鼠存在的最可靠标志。一只北囊鼠几个月能挖掘数百英尺长的隧道，这些隧道，尤其是挖出的土堆给农民们昂贵的田间机械带来不便。但另一方面它们很可能是有价值的，因为北囊鼠知道如何翻晒土壤，一个种群一年内在每英亩土地上能移动近6吨土壤。它们的挖掘活动在雪融化之后变得特别显眼，地面各个方向常有北囊鼠翻起的土堆。
北囊鼠略为隆起、迷宫般的隧道在大雪融化后十分显眼。
北囊鼠挖掘两种类型的隧道。一种是浅的、相互连接的网状隧道，有若干个地下取食中心通向地面。利用这些地下“道路”，北囊鼠能安全而快速地从一个地方跑到另一个地方。浅的隧道使北囊鼠快速穿梭于地上和地下寻找食物，更加方便地收获植物的根茎。一条隧道上面的植物一旦被取食完，北囊鼠就将隧道封住。这样，它们就不必在已过度取食的地方浪费时间和精力。
北囊鼠为了做巢、繁殖、躲避伤害和越过严寒酷暑而挖掘另一类很深的隧道。它们在远低于冻结线的地下筑巢，那里通常很温暖。它们也不能忍受酷热，在超过37．8摄氏度的温度下将很快死亡。当在洞里时，北囊鼠总是用泥土封闭住室，这有助于防水并将天敌挡在洞外。
雄性北囊鼠为了交配到处挖洞，如果需要的话，它们能挖一条100多米的笔直隧道，最终到达雌性的隧道。北囊鼠领地意识很强，甚至对它们的配偶也是如此。两只北囊鼠一旦完成交配，便各自封住自己的洞穴，不再有进一步的接触。与许多别的啮齿动物不同，北囊鼠平均只产3只幼崽。小鼠生下来完全是无助的，但两个月之后就能离开它们的父母，开始自己觅食、挖掘隧道和居室。
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