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文昌鱼的脊索、神经管、咽鳃、中胚层、体腔等的形成过程，都与脊椎动物相似，而一些内脏如肾管、生殖腺等的结构，又与无脊椎动物相似，所以研究它的内部结构，以及胚胎发育各阶段的情况，对于理解和说明动物系统发育中的若干基础理论方面的问题，具有很大的启发作用。文昌鱼终生具有脊椎动物的祖先——脊索动物的三个主要特征，即脊索、背神经管和咽鳃裂，而且都表现得很典型，而在现生脊椎动物中，这些器官只是在胚胎或幼体中出现，到成体即完全消失，由新的器官代替，或分化为更高级的器官。文昌鱼没有骨质骨骼，脊索是它的全身支柱，呈圆棒状，外面有脊索鞘包围，两头尖，位于背侧，从头到尾纵贯全身，并略前伸于脊髓，因此又被称为头索动物。脊索是原始的中轴骨骼，在脊椎动物的成体中被由脊椎骨组成的脊柱所代替。无脊椎动物神经系统的中枢部分呈索状，位于消化道的腹侧，而脊椎动物的背神经已明显分化为脑和脊髓两个部分。文昌鱼则具有原始的中
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