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短尾猴的长相和藏酋猴十分相似，以至于很多书中都把它们混为一谈，也有人认为它们属于同一个种的不同亚种。但是，它们之间明显的不同之处也有不少，例如短尾猴比藏酋猴的体形小，体毛较长而稀疏，为黑褐色或朱古力色，所以在我国华南地区俗称为“黑猴”或者“泥猴”。另外，短尾猴雄兽的生殖器也与众不同，阴茎扁而长，呈矛状，长度约为40毫米，还会发出会一种难闻的藓臭气味。但是短尾猴与藏酋猴不同的最为显著的一个特征，是成体的面部均有鲜红色的斑块，有些老年个体还转为紫红色或者黑红色，所以又叫红面短尾猴、红面猴、红脸猴等。
短尾猴的体形浑圆、憨实，四肢粗壮，雄兽的体长为70—82厘米，体重8—16千克；雌兽的体长为50—58厘米，5—11千克。前额部分*无毛，几乎全部秃顶，呈灰黑色，颊部的毛也较为稀少。胸部、腹部，以及四肢内侧的毛稀疏而且颜色较浅，肩部、颈部和背部的毛较为粗糙。胼胝的周围也是*无毛。尾巴短得出奇，还没有后脚长，仅为体长的十分之一，而且被毛稀少，因此又有“断尾猴”之称。
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