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如果狗是由狼演变而来的，那么到底什么狼是它的直系祖先呢？这个问题也一直存在着很大的争议。因为由于所生活的地理环境的不同，野生的狼分为许多不同的亚种，例如欧洲狼、中国狼、印度狼等。从前有不少学者提出亚洲、欧洲等地的家狗的祖先是印度狼，因为这种狼和家狗在大小、头骨形态等方面都很相近，特别是印度狼的上裂齿长度与狗最为接近。但是，这一观点未能被更多的人所接受，例如从丹麦古遗址中也发现了狗骨，不少学者们认为它可能来自欧洲狼，而不是印度狼。
随着科学技术的发展，科学家开始寻找更有说服力的证据来证实狗与狼之间的亲缘关系。特别是近年来随着基因组计划的发展及相关技术与信息的运用，推动了狗和其他家养动物的研究工作。
几年前，中国科学院昆明动物所的科学家开始和瑞典一家实验室合作，他们搜集了来自欧洲、亚洲、非洲和北美洲的654只狗的DNA样本，选择母系遗传、进化速度快、缺乏重组的线粒体 DNA作为遗传标记，开始尝试用基因测序来为这个人类最忠实的朋友找到老家。
现代生物学实验已经证明，线粒体总是来自于母亲，它可以被看作一种很好的“家族”标志。
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