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将近4.5亿年前的硬骨鱼类可能是4亿年前出现的一种新的食肉鱼类的祖先。这些鱼的骨骼不是硬骨而是软骨，鳞细小，有些长着剃刀一样尖利的牙齿，我们称之为鲨鱼。它们从此就在水中占据统治地位。鲨鱼是这一时期在海洋中新出现的3种鱼类之一。
志留纪和泥盘纪时期，硬骨鱼类进化也很快。硬骨鱼类中最小的、而且种类最多的是辐鳍鱼类。现生辐鳍鱼类有2万多种，占所有现生脊椎动物总数的一半。它们的鳍圆形，厚而且多鳞，内部有强壮的骨骼和肌肉。只有7种肉鳍鱼类存活下来——6种肺鱼和空棘鱼类。尽管它们现在很少，但肺鱼和其他肉鳍鱼类可能是所有陆生脊椎动物的祖先。肉鳍鱼类进化成四肢。
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