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石圈结构与演化、环境演变与全球变化、地表与大气过程、生物遗传资源等方面，进行原创性考察研究。
姚檀栋说：“以往的分学科、分部门、分散性研究已不能有效地解决许多重大科学问题。”今后研究所将组织全球顶尖科学家对青藏高原进行综合性集成研究，以期揭示青藏高原的隆升机制是均衡浮力回弹还是阶段性分区抬升、是隆升改变了季风系统还是气候变化改变了高原隆升过程、其地表与大气过程是不是亚洲环境变化的驱动器、特殊环境下生命系统是如何适应与演化的等诸多人们百思不得其解的奥秘。
青藏高原孕育了地球上独特陆地生态系统和高山生物物种基因库，是研究地球深部物质与能量交换和各圈层相互作用的理想场所，具有极大的科学价值。
笔者获悉，８月上旬，由中美日三国４０多名科技工作者组成的联合考察队，已兵分两路首先开始对喜马拉雅地区冰川及唐古拉山、念青唐古拉山地区气候变化进行系统的观测研究。
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