3千5百万美元寻找癌症特异蛋白

son，另外英国哥伦比亚大学和德克萨斯大学M. D. Anderson癌症研究中心也参与了此项计划。Fisher是UCSF细胞和组织生物学教授、UCSF生物信息中心（Biomolecular Resource Center）主任、UCSF综合性癌症中心（Comprehensive Cancer Center）研究员、伯克利实验室生命科学部访问学者。Gray是伯克利实验室生命和环境科学部副主任、生命科学部主任、UCSF医学实验室教授、综合性癌症中心乳腺瘤研究计划负责人。Gibson是 Buck研究所化学中心负责人。蛋白质组学（Proteomics）研究的是一个细胞、组织或者器官中的所有蛋白，与研究有机体所有基因的基因组学（genome）相对而言。此次受资助的临床蛋白组学研究（clinical proteomics）的主要目的是在血液等体液中寻找癌症信号蛋白或蛋白型，利用这些信号蛋白或蛋白型能在比目前流行的诊断方法更早的时期内诊断出潜在癌症。“已经在某些癌症中鉴别出可以用于癌症诊断的信号蛋白，比如用于前列腺癌症特异抗原检测（prostate specific antigen test）的PSA,” Gray说，“NCI希望利用蛋白质组学为所有类型的癌症都找到类似于SPA或比SPA更好的检测信号。我们将基因表达等基因组信息和基于质谱的蛋白分析技术得到的基因加工（gene processing）信息联系起来，用于鉴别血液中的癌症特异蛋白。生命科学部成员John Conboy已经从事选择性拼接(alternative splicing，基因加工过程的一种)研究多年。“选择性拼接是调控基因表达的一种主要机制，使相对数量较少的基因能够编码出不同类型的蛋白，” Conboy说，“人类基因组中大约有30，000个基因，其中一半以上都会发生选择性拼接过程。”在选择性拼接过程中，有些外显子会被开启有些会被关闭，使得基因能够编码不同的蛋白。“我们将利用高通量芯片技术寻找肿瘤基因不同的剪接方式，” Conboy说，“目的是在外显子水平找到异常剪接方式。”一旦发现编码乳腺癌相关的关键蛋白外显子剪接异常，就可以根据异常剪接设计出相应抗体以清除患者血液中的变异蛋白。“研究至关重要的一个环节是生物信息” Conboy说，通过计算机技术和程序处理软件分析大量数据，从中得到治疗人类癌症异常剪接的信息。Gray说：“伯克利实验室从事选择性剪接等基础研究多年，而且其研制的世界级设备如NERSC（National Energy Research Scientific Computing Center美国国家能源研究科学计算中心）就是美国能源部国家实验室研究实力的最好证明，通过在发病早期对癌症进行检测以对癌症较早进行治疗，有助于提高癌症治疗效率。”
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