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合基因组研究所（Department of Energys Joint Genome Institute，DOE JGI）的研究人员表示认为在微生物基因组测序方面表现出巨大的潜力的454 Life Sciences公司的测序仪（见快速基因组测序时代到来）虽然并不能完全取代传统的Sanger测序方法，但如果将这两种技术结合起来，就可以达到目前最佳的测序效果。（详细）Solexa水涨船高 454是否忐忑不安？454 Life Sciences公司在2005年8月的Nature杂志上公布了他们开发的比传统Sanger测序方法快100倍的一种技术，这种方法之所以会如此之快，主要是由于其自动化的原因。在新一代测序市场中，Solexa有一个强劲的对手——454 Life Sciences，这家著名的公司（以罗氏诊断作为强大技术市场支持）在去年3月最先推出了新一代测序仪：Genome Sequencer 20。但是太平洋发展投资公司分析家认为“GS20的费用问题是一个重点，而Solexa计划在06年年底实现一个反应完成十亿碱基的测序。” 利凌斯万公司John Sullivan则表示之所以会关注Solexa是因为Solexa主要的重点是放在人类基因组重测序方面。另一方面则是由于Solexa是一个单一业务（pure-play）公司，可以直接投资。当然目前454系统已经开始了对新一代DNA测序仪企业范围内的评估，其它公司想要跻身进去需要在短时间内在商业和科技手段方面站稳脚跟。（详细）
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