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比较密集的转座子。基于TFR在进化上明显的保守性，Mattick研究组推测这些区域具有重要的生物学意义。通过对TFR深入分析，他们发现85％的TFR至少与一个注解基因重叠，并且几乎所有这类序列都至少与一个已知的RNA转录本重叠。另外，TFR还在microRNA基因和与发育过程有关的基因中很丰富。TFR的另外一个引入注意的特征是它们与超保守区域（ultra-conserved region，指具有在人类、小鼠和大鼠中100％相同的长度超过200个碱基对的基因组片段）有关。所有这些发现强有力地证明TFR在关键的生物过程中的重要功能。由于大部分TFR都位于蛋白质编码序列之外，因此研究人员推测它们可能是调节性信息或不能被破坏的RNA转录本区域。但是，很难解释这种不能被破坏的序列为何会这么长。就目前的发现来看，TFR在非编码序列中起较广泛的作用。
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