用基因组学方法追溯细菌的进化史

[AD340X300][生物通讯]细菌是一类“杂乱无章”的生物。虽然大多数生物都倾向于将基因传递给自己物种的下一代，但细菌常常与毫无亲缘关系的物种进行遗传物质交换，这个过程叫做基因横向转移。这就是为什么怀疑论者质疑研究人员是否有重建细菌进化史的一线希望。但现在，由于近源细菌物种的基因组测序的完成以及新分析方法的问世，亚利桑那大学的研究人员证明构建细菌进化树是完全可能的。Nancy Moran、Emmanuelle Lerat和Vincent Daubin提出了追溯细菌进化史的一个新方法：在细菌基因组中寻找一组可作为可靠的细菌进化指示器的基因。这种方法对于研究生物进化史的生物学家具有重要意义，因为它为勾画横向基因转移等塑造基因组结构和实质的进化事件奠定了基础。细菌有望为科学家揭示丰富的基因组学进化信息，因为已有许多细菌物种的基因组测序完毕，这就使得广泛比较分析各个物种的基因组成为可能，而且细菌的基因组很小且结构紧凑。在这项研究中，研究人员选择了古生菌群:gamma变形杆菌（ Proteobacteria），这是一个在生态上具有丰富多样性的细菌类群（包括大肠杆菌和沙门氏菌等），记载的大多数基因横向转移都发生在这个类群，这个类群的中细菌物种基因组完成测序的也最多。这个研究结果证
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