肿瘤基因组计划初战告捷

要依赖显微学方法，一般先通过染色体中断、缺失或异质性缺失等手段确定异常基因的位置。用先前这种方法已经成功地鉴定了一批与淋巴瘤、白血病和肉瘤等相关的基因，但是其缺陷在于难以发现其中存在的点突变。象ras基因，其在肿瘤中的点突变率达20%。 Stratton说，要发现象ras基因一样存在的点突变，唯一实际的方法就是系统地对它们进行详细的检查。传统的方法需要对每一个肿瘤基因进行测序，以发现其中存在的突变或缺失，这样工作量是十分繁重的，而且速度很慢，价格昂贵。Stratton的研究小组则采取了一种靶向性更强的筛选方法。根据人类基因组计划所获得的信息，他们只需要对基因的外显子进行筛选便可以了。他们在工作中将对同一患者的肿瘤组织与正常组织序列之间的差异进行比较。这种方法从对来自48种不同肿瘤的细胞系的筛选开始，然后比较它们与正常的成淋巴细胞系的差别。这些肿瘤包括成年人的乳腺癌、肺癌、恶性黑色素瘤、结肠直肠癌、卵巢癌、脑肿瘤、肾癌、膀胱癌和部分儿科恶性肿瘤。人类基因组草图已经对32000个基因的一半以上的位置和内含子/外显子序列进行了注释，全部注释完成大概要等到2005年。Stratton的研究小组在数月前开始选定一系列可能的基因着手工作了。这些基因家族被认为可能带有肿瘤相关的基因突变，其中包括激酶和一些信号途径蛋白，先前曾在这些基因中鉴定出了一些突变。另一个和这个突变筛选平台相平行的策略是在基因组中寻找同源的缺失或突变。 Stratton说，这种方法仍然是具有挑战性的。因为每个基因平均有9-10个外显子，要对48个肿瘤的正常组织和癌变组织都进行分析，估计要做3200万个PCR反应。他补充说，这个高通量的突变筛选平台对于桑格研究所是非常重要的。每发现一个突变，世界各地的合作组织都要对它进行功能分析，其中也要用到桑格研究所的世界上最大的肿瘤细胞系库。 Stratton承认这种方法同样存在缺点，就是不能够鉴定出在同一个患者肿瘤和正常组织中都存在的等位基因突变。（EVOLVE 译， Dale校——基因潮编译，未经同意请勿转载）摘自基因潮
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