mRNA的多样性对基因分析芯片提出更高要求

这些发现对于了解基因功能具有深刻意义。我们需要有更好的DNA芯片以满足研究基因复杂性的需要。”Jongeneel博士说。Jongeneel主管着路德维格研究院设在瑞士洛桑的信息技术办公室。 mRNA多样性产生的基础在于不同部分的基因都能够编码mRNA，就如同通过去留一些单词可以造出不同的句子一样。用于DNA芯片检测的mRNA样品或称标签，通常来自靠近poly (A)尾巴的区域，poly (A)尾巴就是区分不同mRNA的剪接点。DNA芯片一次可以测定几千种这样的mRNA。但使用这部分的mRNA就会遗漏其它可能传递不同蛋白质合成指令的mRNA转录体。开始就以不完全的信息来分析基因功能，无异于断章取义。 Jongeneel博士认为，要想弄清楚某一特定基因究竟如何表达，只研究一部分的mRNA最终得到的答案很定是不全面的。在这项与美国国家癌症研究院合作进行的研究中，Jongeneel的研究小组回顾了所有有关人类基因组及其对应的转录体组（transcriptome）信息的公共数据库。研究小组分析了标志mRNA结束的 poly (A)尾巴前的部分。通过详细检查人类21号染色体的一个区域，研究人员发现，mRNA末端长范围的变异至少影响了该区域一半的基因，也就是说当前推测的35,000 个人类基因中的20,000个都收到mRNA多样性的影响。生产DNA芯片时如能将这些变异考虑进去，芯片的精度可大大提高，最终还可能产生如何识别和作用致病蛋白的新思路。 Jongeneel认为，基因分析时加入更多mRNA标签，会大大提高每次实验收集到的信息量，从而为基于DNA芯片的诊断方法开辟出一条新路。文章正式发表于7月期的《基因组研究》前，首先发表在该杂志6月12日的网络版上(www.genome.org)。路德维格癌症研究院是一家非盈利的全球性研究组织，全球共有7家设在不同国家的分支机构。有超过900名来自世界各地的科学家和员工在该组织从事着基础和临床研究工作。研究重点包括癌症遗传学和基因组学、肿瘤免疫学以及细胞生长和分化等。生物通摘译自BIO.COM
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