超级计算机建立SARS病毒酶模型

生物通报道：Mayo Clinic的研究人员首次建立了一种与SARS病毒复制有关的酶的三维模型。这些瞬时的“实时结构（sturtures-in-time）”是设计一种抗SARS药物的关键，也是防止病毒继续威胁人类的一个好消息。这种SARS病毒酶——类糜蛋白半胱氨酸蛋白酶（chymotrypsin-like cysteine proteinase）的结构和动力学研究结果公布在Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics的网络版上（ http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/fulltext/109593993/HTMLSTART ）。Mayo Clinic的研究人员，也是计算机辅助分子模型实验室的负责人Yuan-Ping Pang博士利用自己设计、构建和控制的万亿级（terascale）超级计算机系统建立了这个模型——实际上，Pang博士利用800个个人电脑（PC）处理器共同工作，分析了SARS病毒的基因组并在仅SARS病毒基因组公布后20天就按逐个原子构建起这种由8113个原子组成病毒酶的瞬时3D结构。利用超大型计算机模拟，Pang博士能快速准确地将一个基因组序列转换成能编码出一种蛋白的三维结构，从而作为研究抗SARS药物的基础。这种能力在消化庞大的基因组学和蛋白质组学信息的方面非常重
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