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了片断长度，连接温度，序列相似度和重组父本序列的数目等各种因素对于重组序列上的交换位点的数目，类型和分布的影响关系。实际上，父本基因越相似，潜在的交换位点也越多。 热动力学分析表明，退火连接反应大多发生在一段很窄的温度范围内。如果温度很低，那么DN-断的连接会杂乱无章，形成一些毫无意义的序列，因此最终的目的是为了找到一个很低的合适的温度，同时优化出合适的交换位点，以重组形成具有某种功能的产物。Maranas说：“如果序列之间互不相干，毫无相似性可言，而且实验温度很高，那么最后不会有任何的交换位点。” 片断的大小同样也可以影响交换位点的数目。研究人员希望能够确定一条重组DNA序列上具有特定数目的交换位点的概率。同实验结果相比，这个重组算法过高地估计了交换位点的总数，特别是对于那些序列相似性很高的基因序列更是如此。但是实际上，算法并没有出错，原因是有些交换位点发生在父本基因完全相同的区域，因此在实验中，这些交换位点看起来好像并没有发生序列交换一样。这些“沉默”的交换位点并不能提供任何的多样性，因此重组算法将把它们排除出去。 Maranas说：“这个程序揭示了一些大的趋势。你可以在消耗时间和资源去做实验之前，先通过程序掌握一些大致的情况，它们包括不同片断的长度，退火温度或者甚至是不同父本基因的选择。这些数据同实验情况大致吻合，当然，模型里面不包括可调整的参数。当某些吻合的情节过于完美，难以判断的时候，程序似乎是捕捉到了观察的趋势。至少，我们可以预测出是否会产生交换位点，产生的交换位点是多还是少。” 在应用DNA重组技术时，父本基因的序列必须达到百分之五十到六十的相同程度，但是在相似程度较低时，仍然可以进行重组，研究人员正在对此进行研究。 摘自：新生命网站编译
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