科学家努力建立生物信息学标准

力衰退的产业。研发过程还停留在原始手工业水平。”现在的问题是最后使用哪个标准的问题。回想20世纪70年代的计算机工业，当时每个人都鼓吹他们自己的标准。现在全世界出现了不少正式的组织，如BioPathways Consortium，Object Management Group的Life Sciences Research Domain Task Force，和Bio-Ontologies Consortium，他们每个组织对于问题的解决都有不同的观点。神经科学家Eric Neumann，同时是Bio-Ontologies和BioPathways consortia的成员，还是剑桥3rd Millennium咨询公司的生命科学信息部副主席。他说可扩展的标记语言[Extensible Markup Language (XML)]将成为生物信息学的标准计算机语言。XML是由超文本标记语言[Hypertext Markup Language (HTML)]扩展而来，是当前国际互联网使用的计算机语言[参考1999年5月《Scientific American》上由Jon Bosak和Tim Bray发表的“XML and the Second-Generation Web”]。XML的优点之一是它带有通过输入名鉴定每种信息的标记，比如输入“Camaro”，将代表是“汽车”。Neumann提出以XML为基础的语言将“强调生物信息学的类似网络的自然”，其中包括从DNA到信使RNA，蛋白，蛋白-蛋白相互作用，生物医学途径，细胞功能，以及最终整个生物体的行为。据Neumann介绍，目前存储和搜寻这种生物信息的方法集中在单个基因，“但是我们需要治疗的疾病包括了不止一个基因的作用。”Clark说制定生物信息学标准目前面临的主要问题是，数据的绝对量，高级模式识别的需要（如在DNA序列中和蛋白质结构域中的模式），从数据中清除“噪音”的信号处理能力，以及通过大量迷乱的分子相互作用寻找出最佳途径（也成为组合最优化）。Neumann认为组合最优化是最大的障碍。“各种途径比DNA序列要复杂得多，如果我们不能在这方面有所作为，那将会是真正的一团糟。”——摘译自Scientific American
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