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    美科学家开发出蛋白质折叠模拟软件

    这些折叠过程,我们可以知道哪一个基因激活特定的蛋白质,也许,我们还能从中找到治疗某些危险疾病的方法。 折叠过程极快,通常以毫秒计。然而,折叠过程的每一步却极为复杂,单一计算机无法计算所有可能的结果。 据Pande说,由于可能性如此众多,连折叠过程中一纳秒的计算量也会使计算机难以负荷。简单的蛋白质组装约需10000纳秒,而一台主频为400MHz的计算机需要用一天的时间来模拟1纳秒的组装过程。这意味着模拟一简单蛋白质的折叠需要1000台计算机持续工作十天,这仅仅是简单的折叠,复杂的折叠将耗用更多的时间。 Pande小组使用一软件开发小组的工具包来构建其服务,称为Mithral Client-Server SDK。 这项服务用于快速构建分布式计算以及对等网络,由此产生类似于SETI@Home的计划。 Pande不希望因冗长的计算而耗费大量时间。现在,研究人员已经知道了Mithral SDK,他们能在一至两个星期之内构建一台客户机。 Pande目前还不能透露有关Folding@home计划的某些细节,主要因为这项计划的某些部分正在受到同行的评估,还可能因为它仅正式运行了一个礼拜,但其所有结果将会公布。 由于基因是形成蛋白质的蓝图,那么,了解人类基因组的全序列就好比拥有了一辆汽车所有零件的清单。不知道蛋白质是如何组装的,而只知道它确实发生了组装,这对我们毫无助益。 蛋白质是建造有机体的“砖石”。酶则驱动机体内的生化反应,例如消化。而抗体就担负起识别机体内病原体与外来物质的重任,协助免疫系统清除入侵者。
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