重要的转录因子（transcription factors），主要是OCT4, SOX2和NANOG，对保持胚胎干细胞的自我更新（self-renewal）和多能性（pluripotency）是必须的。Boyer等人用基因组水平的位置分析法（genome-scale location analysis）找出了这些因子的靶基因（target genes）。他们惊奇地发现，这些因子的一大部分的靶基因被他们共同所有。这些靶基因经常编码一些转录因子，其中许多都是发育上重要同源结构域蛋白（homeodomain proteins）。研究结果也表明，同源结构域蛋白共同起作用，形成了一个由自我调节（autoregulatory）和反馈（feedforward）的循环组成的调节网络。这些结果为干细胞的转录调节的研究提供了一个新的视角，并揭示了OCT4, SOX2和 NANOG对干细胞多能性和自我更新的作用。
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