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使用不同的实验方法发现间充质干细胞只表现出了残缺不全的转分化步骤。由间充质干细胞产生功能性骨骼肌的基础是干细胞需与分化的肌肉细胞发生融合。尽管研究人员证明间充质干细胞在与产生长因子的饲养细胞共同培养后能够表达一些心肌和骨骼肌特有的基因并经历了一些变形过程，但是最终它们无法变成完整功能的肌肉细胞。只有在间充质干细胞与骨骼肌或者心肌细胞一起培养后才能变成完全功能的肌细胞。研究人员用绿色染料标记干细胞，并观察到因与干细胞融合而使肌细胞发出了绿色荧光；相反，将标记的干细胞与肌细胞阻隔时，没有出现发绿色荧光的肌细胞。研究人员进行另外的实验分析了这种细胞融合过程的机制。在研究中，由间充质干细胞和几种小鼠突变体产生出了“嵌合”小鼠胚胎——这意味着干细胞征用了IL-4/NFAT信号突变，而这种途径还与T淋巴细胞在免疫应答过程中的活化有关。Thomas Braun和同事获得的这些重要发现将为-干细胞用作疾病治疗的一种方法奠定重要基础。他们的发现与先前的主流观点即“骨髓衍生或局部位置的干细胞通过转分化形成肌肉细胞而参与心脏和骨骼肌组织再生”的观点相抵触 。
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