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老鼠的这种的改变是因为分子水平的增加和“神经系统的可塑性”。还有一些科学家对上述第一次试验使用的老鼠身体各项平均数值产生了怀疑，经核对，提供最终结论的老鼠组比其他组的体重沉，这有可能使它们的幼仔成熟得更好。 实际上，最主要的问题是老鼠幼仔听不到大部分莫扎特音乐，成年老鼠则完全听不到。老鼠基本上聋子。那么，莫扎特音乐如何起作用。 对于种种疑问，仍有一些科学家坚持音乐可以影响啮齿动物的行为、大脑机能、免疫能力和血压；老鼠可能听得到高频率的音乐；甚至有科学家提出老鼠可以感觉到音乐即使它们听不到。
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