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入胚泡阶段，然后胚泡发育进入胚胎发育阶段。早期研究已经证实，肌体其它组织的细胞也可以通过将其核质移植到卵母细胞或者通过与胚胎干细胞融合而实现“改编”（reprogrammed）为有干细胞分化潜能的细胞。Yamanaka说：“这些实验告诉我们未受精的卵子和胚胎干细胞可能包含一些成分，这些成分可以使已分化的细胞重新具有多能性。我们推测这些成分对维持胚胎干细胞的同一性至关重要，并且在诱导其它肌体细胞具有全能性的过程中扮演关键角色。” 研究人员选择了先前已经证实的与维持早期胚胎和胚胎干细胞同一性有关的24种基因作为候选因素，寻找能够诱导肌体细胞转化为其它细胞类型的关键因素。研究结果发现其中的四种基因：Oct3/4、Sox2、c-Myc和Klf4可以使来自胚胎小鼠或者成年小鼠的不同的纤维原细胞保留胚胎干细胞正常的多能性。 更进一步的实验发现，将这些iPS细胞移植到小鼠的皮下组织会导致肿瘤发生，这些肿瘤包括在哺乳动物胚胎中三种重要类型组织肿瘤。并且Yamanaka表示：“胚层”（germ layers）最终会发育成为完整的组织和器官。将iPS细胞注入胚泡，也能发现iPS细胞协助小鼠胚胎发育。 “这些结果为研究控制多能性迈出了重要一步，有助于将患者体内细胞转化为多能性细胞提供思路。”因为这些研究结果有广泛的应用价值，干细胞专家谨慎地表示此项胚胎干细胞研究还有很大的发展空间。 Yamanaka说：“我们仍然不知道的是，是否人类中的这四种基因可以诱导人类成体细胞（somatic cell）具有多能性。” 研究小组对干细胞将来的研究工作提出两点意见：一是强调c-Myc（一种在多种人类癌症中都出现的基因）也许不适合临床应用，并且治疗过程需要特定的培养环境；二是强调iPS细胞不一定具有胚胎干细胞所有功能。
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