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中有机溶剂的比例会影响蛋白的保留值。有机溶剂比例过高，会使蛋白的样品与填料的作用变弱而过早地洗脱。流动相中的三氟乙酸可作为离子对试剂和pH调节剂，有利于蛋白的保留。 ②回收率（质量回收率）低 蛋白质量回收率低往往发生在使用凝胶过滤柱时，特别是以硅胶为基质的凝胶蛋白分析柱时，尽管硅醇基已经过双醇封口，但残留的硅醇基仍会与蛋白的碱性基团发生非GFC效应，造成回收率低，分离度差等现象,解决这一现象的方法是在流动相（通常是水）中加入0。M-0。3M盐作为改性剂以减少这种非GFC效应。 ③柱压过高 柱压过高的原因在于柱入口的堵塞及填料间的缝隙的减小或堵死，这些原因有：非硅胶填料的颗粒膨胀（主要是由于使用过高比例有机溶剂引起）；来自样品，流动相的颗粒堵塞、细菌生长，流速过高等，为防止柱压过高，应使用符合要求的流动相组成。样品，流动相使用前严格过滤。为了保存时防止细菌生长。以硅胶为基质的柱子可使用20%有机水溶液保存。其它柱子在保存液中加入0。02%的叠氨钠。 ④性能改变 蛋白柱在使用一段时间后，其性能会有所改变（保留值变化，柱效下降等）。原因之一是被分离样品中细胞碎片，类脂，酸等的污染，对聚合物基质的柱子可用0。1-1。0N NaOH溶液清洗，注意以硅胶为基质的柱子（如Protein Pak凝胶柱）不能用NaOH清洗。
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