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用夹子或铁皮制纸夹将玻璃板加在一起，将整块玻璃的两边及底部用凝胶密封带封紧，形成不透水密封。5. 根据玻璃板的大小和间隔片的厚度计算所需凝胶的体积。6. （可做可不做）将所需用量的聚丙烯酰胺：亚甲双丙烯酰溶液放于一干净的带侧臂的烧瓶中，加入磁力搅拌子，抽真空脱气。开始脱气应温和一些，并边脱气边旋转烧瓶直至不再有气泡溢出为止。 灌制凝胶7. 下面的操作需要戴手套，在托盘上进行，以免溅出的丙烯酰胺：亚甲双丙烯酰溶液洒在实验台上。动作应迅速，于丙烯酰胺聚合前完成。a. 每100ml丙烯酰胺：亚甲双丙烯酰溶液中加入35μl TEMED，轻轻旋转混匀溶液。b. 用50ml注射器吸取凝胶溶液，调转注射器，排净进入针管的空气。将注射器的针头插入两块玻璃板之间的空隙，注入丙烯酰胺溶液，几乎注满改空隙。c. 将玻璃板斜靠在试管架上，与实验台面成约10°角。8. 立即将合适的梳子插到凝胶中，小心勿使梳齿下留有泡。梳子的顶端应略高于玻璃板的上沿。用铁皮制纸夹将梳子夹紧，使其就位。必要时，用剩余的丙烯酰胺溶液完全充满模具。确认无丙烯酰胺溶液从模具漏出。9. 丙烯酰胺于室温聚合30~60min。若凝胶回缩明显，应补加丙烯酰胺：亚甲双丙烯酰溶液。10. 聚合完全后，用1×TBE浸润的纸巾包绕梳子和凝胶的顶部。然后用Saran Wrap模密封整块凝胶，4℃保存，直至使用。11. 当准备好进行电泳时，在梳子的周围及其顶部喷些1×TBE缓冲液，从聚合的凝胶中小心取出梳子。用注射器吸取1×TBE冲洗加样孔。用剃须刀或解剖刀除去凝胶底部的密封胶带。 上样与电泳12. 将凝胶放入电泳槽中，用大号铁皮制夹子夹住其边缘或用装置本身的夹子固定。带凹口的玻璃板应面对缓冲液槽向里面放置。13. 用配制凝胶溶液同一批次的5×TBE配制电泳缓冲液灌满缓冲液槽。用一根弯头巴斯德吸管或注射针头排除藏匿于凝胶底部的气泡。14. 用巴斯德吸管或注射器再次吸取1×TBE冲洗加样孔。将DNA样品与适量6×凝胶载样缓冲液混合，用Hamilton注射器或带有拉长的塑料吸头的微量移液管加入加样孔。15. 将电极与电源相连（正极接下槽），打开电源，进行电泳。16. 电泳至标准参照染料迁移至所需位置。关闭电源，拔掉插头，弃去电泳槽中的电泳缓冲液。17. 卸下玻璃板，用解剖刀或剃须刀片除去凝胶密封胶带。将玻璃板放在实验台上（硅化的玻璃板在上面）。用间隔片或塑料楔将上面的玻璃板的一角翘起。检查一下凝胶仍应附着在下面玻璃板上。将上面的玻璃板平稳的移开，去掉间隔片。18. 用染色检测或放射自显影检测检测聚丙烯酰胺凝胶中的DNA条带的位置。
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