RNA酶保护试验-实验方法

实验频道正文用户登录新用户注册 RNA酶保护试验作者：佚名实验频道来源：生物谷点击数：更新时间：2004-6-18 RNA酶保护试验((RNase Protection Assay,RPA)是通过液相杂交的方式,用反义RNA探针与样品杂交，以检测RNA表达的技术。与Northern杂交和RT-PCR比较，RPA有以下几个优点：1．检测灵敏度比Northern杂交高。由于Northern杂交步骤中转膜和洗膜都将造成样品和探针的损失，使灵敏度下降，而RPA将所有杂交体系进行电泳，故损失小，提高了灵敏度。2．由于PCR扩增过程中效率不均一和反应“平台”问题，基于PCR产物量进行分析所得数据的可靠性将下降，而RPA没有扩增过程，因此，分析的数据真实性较高。3．由于与反义RNA探针杂交的样品RNA仅为该RNA分子的部分片段，因此，部分降解的RNA样品仍可进行分析。4．步骤较少，耗时短。与Northern杂交相比，省去了转膜和洗膜的过程。5． RNA-RNA杂交体稳定性高，无探针自身复性问题，无须封闭。6．一个杂交体系中可同时进行多个探针杂交，无竞争性问题。7．检测分子长度可以任意设置，灵活性大。 RPA的缺点是需要同位素标记探针。一、试剂准备1． GACU POOL：取100mM ATP、CTP、GTP各2.78μl、100mM UTP 0.06μl，加DEPC H2O至100μl。2. 杂交缓冲液:PIPES 0.134g、0.5M EDTA（pH8.0）20μl、5M NaCl 0.8ml、甲酰胺8ml，加DEPC H2O至10ml。3. RNase消化液：5M NaCl 120μl、1M Tris-HCl(pH7.4) 20μl、0.5M EDTA（pH8.0）20μl、RNase A(10mg/ml) 8μl、RNase T1(250U/μl) 1μl，加DEPC H2O至2ml二、操作步骤1．反义RNA可由含T7或SP6启动子的重组质粒为模板制备，也可以用含启动子的PCR产物为模板制备，本文介绍后者。（1）设计含T7启动子的PCR引物由于PCR产物将作为合成反义RNA的模板，所以一对引物中的下游引物5’-端要含T7启动子序列: T7启动子序列为：5’-TAATACGACTCACTATAGGG　引物设计的其他要求与一般PCR引物的设计相同。PCR产物的长度决定了反义RNA探针的长度，具体设计时可考虑100-400bp长。最好采用巢式PCR，即先扩增出一较长的片段，再以该片段为模板扩增出较短的片段，以保证探针的特异性，如下图所示：上游引物下游引物Ⅱ T7 启动子序列下游引物Ⅰ （2）PCR 先用上游引物和下游引物Ⅰ进行PCR，再以PCR 产物为模板,用上游引物和下游引物Ⅱ-T7进行二次PCR(具体操作参见PCR章节)。（3）探针合成标记与纯化在0.5ml 离心管中加入下列试剂：RNasin （40U/μl） 0.5μl GACU POOL GAC （含GTP、CTP、ATP各2.75 mM,UTP 61μM） 2μl [α-32P]UTP(10μCi/μl) 2.5μl DTT (二硫苏糖醇，0.1M) 1μl 5×转录 buffer 2μl 模板（50ng/μl） 1μl T7 RNA 聚合酶 (15U) 1μl 混合后，短暂离心，37OC保温1hr。加入DNaseⅠ（10U/μl）1μl, 37OC 15min, 然后75 OC 10min以灭活DNAseⅠ和T7 RNA 聚合酶。加入：饱和酚 50μl 氯仿 50μl 酵母tRNA（2μg/μl） 4μl DEPC H2O 100μl 室温下充分混匀，离心10000g×2min。取上层液置另一0.5 ml离心管中，加入100μl氯仿，混匀，离心10000g×2min。将上层液转移至另一0.5ml 离心管中，再加入3M NaAc 10μl、预冷无水乙醇250μl，混匀后，-20OC静置30min。4OC离心13500g×10min。弃上清液，沉淀用75%乙醇100μl洗涤，4OC离心13500g×2min, 弃上清液。室温下挥发残留乙醇。加入50μl杂交缓冲液溶解沉淀，4OC下保存待用。可用尿素-聚丙烯酰胺凝胶电泳检测探针质量。（参见本节电泳步骤）。 2．杂交（1） RNA提取后溶解在杂交缓冲液中，浓度为1μg/μl。（2）取8μl RNA加入1-3μl探针（根据探针检测结果调整）于0.5ml 离心管中。（2） 80OC保温2min，然后40-45OC下杂交12-18hr。 3. 消化 (1) 杂交管于37 OC保温15min，加入RNase消化液，37 OC保温30min。 (2) 加入10%SDS 10μl、10μg/μl蛋白酶K 20μl，混匀，37 OC保温10min。 (3) 加入65μl饱和酚和65μl氯仿，混匀，室温离心，10000g×2min。 (4) 转移上层液到另一0.5离心管中，加入10μl酵母tRNA和3M NaAc 15μl，再加入200μl异丙醇，混匀后，置-20OC 30min，4 OC离心,135000g×10min。 (5) 弃上清液，室温下挥发乙醇，加入5-8μl上样缓冲液溶解沉淀。 4、电泳与放射自显影（1）配制凝胶：(50ml) 40%丙烯酰胺-亚甲双丙烯酰胺（19：1） 6.25ml 5×TBE 10ml 尿素 24g加H2O至50ml 溶解后加入25%过硫酸胺50μl，TEMED 50μl，混匀，注入电泳槽中，插入梳，待胶凝固。（2）预电泳以1×TBE为上下槽电泳缓冲液，加上电压后进行预电泳，如果用测序电泳装置，电压应达2000v以上，功率设定为100w，温度设为50 OC。待胶板温度达50 OC时，暂停电泳，准备加样。（3）加样将已溶解在加样缓冲液中的样品80 OC加热2min，立即加样到胶孔中，电泳1-2hr。（电泳条件同预电泳）。（3）电泳结束后，打开胶板，用滤纸取下胶，覆上一层保鲜膜，放置于暗盒中，暗室红光下，压上一张X片，盖上暗盒，-70OC曝光1-3天。暴光结束后，将X光片显影、定影、水洗、晾干。三、注意事项 1．本实验大部分为RNA操作，注意RNA酶的污染。 2．RNase消化液消化未杂交的单链RNA和探针RNA，当探针与样品之间有碱基错配时，错配位点也将被消化，因此会产生片段较小的杂交片段。因此进行PCR时，采取尽量减少错配的措施。3、同位素对RNA合成有一定影响，有时会产生非全长的探针。因此，标记时间不宜过长。4、 RNase消化液有时会产生过度消化而无检测信号，可以将消化液稀释10-100倍后使用。　处理 SSI 文件时出错处理 SSI 文件时出错【评论】【进论坛看】【转入博客】实验频道录入：生物编辑责任编辑：生物编辑上一篇实验频道： Northern 下一篇实验频道：原核表达【发表评论】【加入收藏】【告诉好友】【打印此文】【关闭窗口】相关文章最新热门推荐文章病毒DNA和RNA的简易纯化技术哺乳动物细胞中进行RNA干扰:RNA酶活性的控制哺乳动物细胞总RNA的分离RNA酶活性的控制mRNA的分离mRNA的分离与纯化组织和细胞RNA的制备RNA操作中的一般要求细胞核提取 · 免疫细胞表面抗原分子CD家族对照表· 所有的看家基因(housekeeping gene· 生物发光与化学发光专题· 生物发光和化学发光在生物技术中的· 重组DNA的分离、克隆与测序实验手册· RNAi和基因沉默的历史回顾· RNAi原理图解· RNAi术语表· siRNA设计指南· Methods for DNA sequencing · 通用电气医疗集团简介· 生物发光与化学发光专题· 生物发光和化学发光在生物技术中的· RNA干扰技术获得新突破· 蛋白质特性与分离纯化技术的选择· PCR实验指导与常见问题分析· RNAi原理FLASH演示· Extrachromosomal elements, plasm· Promoter analysis by saturation · 重组DNA的分离、克隆与测序实验手册文章评论（只显示最新10条。评论内容只代表网友观点，与本站立场无关！）生物谷 | 网站介绍 | 网站地图 | 广告服务 | 帮助关于我们 | 广告服务 | 战略伙伴 | 留言| 帮助信息| 联系方式 | 客户投诉 | 友情链接 | 网站地图 | 网站声明 | Bioon English 上海北岸信息技术有限公司公司地址：上海龙吴路51号嘉源商务中心1#211室(200232) 生物谷网站 bioon.com © Copyright 2001 - 2006. All rights reserved. 备案号：沪ICP备05022939号
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