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    PCR技术应用六:地中海贫血

    -基因的另一突变即为单碱基置换,目前已发现的突变有18种以 上,它包括错义突变,无意突变剪接部位突变及起始信号突变.(二)β-基因的突变: β-基因的突变以点突变为主,即单核苷酸置换是β-基因的主要突变类型,它亦有碱基的括入和缺失,在我国检出的β-基因点突变见下表:位置性质对基因功能影响类型启动子区(TATA)   -32C→A  -30T→CmRNA转录效率下降 -29A→Gβ链合成减少β+-28A→G  RNA剪接基因突变   IVS-1n+1G→T  IVS-1n+5G→CmRNA合成异常β+IVS-13T→G  IVS-2n+654C→T  误义突变   CD26G→A 正无意突变   CDnA→Tβ链合成短βCD43G→T  突变   缺失:CD8—AA   CD31—C   CD41/42-TCTT  括入+40±43-AAAC   CD14/15+G    CD27/28+C   CD71/72+T,+A  起始裂解     ATG→AGG  四、PCR技术在α地贫基因诊断中的应用  α地贫是由α珠蛋白基因不同范围的缺 失及点突变所致,但以缺失型突变最为常见,因此,α地贫PCR诊断的主要任务就在于快速检出α珠蛋白基因的缺失片段.(一)α基因全部缺失(--1--)的PCR诊断  α基因全部缺失所引起的临床表现为HbBar+胎儿水肿综合征,用PCR方法检测等,其反应体系组成如下:  引物:  PC01;5TACTGTAGATACCCGTGTACAA3  PC02;5ATCARGGAAACATAGTAAT3  PC03;5ACACAACTGTGTTACCTAGC3  PC04;5CAACTTCATCCACGTTCACC3  扩增片段:αPC01-PC02;136;-  βPC03-PC04;110;110  扩增条件:93℃(30);45℃(30);65℃  检测:3%珠脂糖电泳  注):PCO3和PCO4扩增片段位于β基因,作为内对照.  结果判定:在正常人PCO1-PCO2扩增片段为B6bp,PCO3-PCO4为110bp,而HbBart胎儿水肿综合征仅有PC)3-PCO4的110扩增片段而无PCO1和PCO2的136bp扩增产物.(二)部分α基因缺失型的PCR检测  除HbBart胎儿水肿外,在α地贫中,尚有部分α基因缺失的类型,它仍是α地贫2,α地贫HbH病,应用PCO1和PCO2时正常和缺失染色体均有扩增,因此对2,2,HbH及正常个体不能鉴别,因此又有人设计了一组新的引物体系进行α基因缺失的检测,该本系的组成及操作过程如下引物名称序列位置 S1F5GTGTTCTCAGTATTGGAGGGAA34 S1 3端S2F5GACACGCTTCCAATACGCTTA3α3HVR 5端S3R5CTACTGCAGCCTTGAACTCC34α2 5端α1F5CGGGCCTGGGCCCTCGGCCC3 R5CCACGGGGGTACGGGTGCAG3二者的3端α2F5CGGCTGCGGGCCTGGGCCGC3 R5ATTCCGGGACAGAGAGAACC3 五、PCR技术在β地贫基因诊断中的应用  β地贫的基因突变主要是单碱置换.目前在世界范围内发现的单碱基置换达160余种,其中在中国发现的有21种,由于β珠蛋白基因的突变主要为单碱基碱置换,因此其诊断途径与β地贫完全不同,其诊断的主要目的即检出点突变.(一)检测已知突变位点  1.PCR-ASD与ROB  PCR-ASO是快速简便的检测已知β珠蛋白基因点突变的方法,主是利用PCR技术扩增靶基因的适当片段,然后用人工合成的含突变位点的标记寡核苷酸探针,逐一筛查,泛检测的反应体系包括.  引物:见下表引物名称位置序列扩增片段大小bpβA-129--104A5GTACGGCTGTCATCACTTAGACCTCA3A→B600βB编码97-89B5TGCAGCTTGTCACAGTGCAGCTCACT3C→D422βCEVS-2475-476C5GTGTACACATATTGACCAAA3A→D1502βD编码114→108D5AGCACACAGACCAGCACGTT341  点膜与杂交:PCR-ASO是将PCR扩增产物点于杂交膜上,然后与上述的ASO探针杂交,根据杂交的结果判断分析,以确定突变位点RDB以改传统的杂交途径,它是将一系列的标记ASO探针固定在膜上,然后用之与PCR扩增产物进行杂交,使检测程序大大简化.  张是增等人根据我国常见的β基因突变情况,将18种5突变分为两组,一组为常见的,另一组为非常见,与这些突变相对应的ASO探针反分为两组,将这些探针固定于膜上,再与相反的PCR扩增产物进行杂交,常用的7种ASO探针可检出98%的中国人β基因点突变同RDB方法简便,快速,使用非同项素标记的ASO探针使之节约于推广,而是探针膜条便于保存和运选.  2.等位特异PCR(ASAPCR)  ASAPCR是检测已知β基因突变优点进行β地贫基因诊断又一有效手段,有人用该方法检测Cordows41-42,TVSnt654,CD17TATA盒-28和CD71-72,这五种我国南方常见的β基因点突变诊断β地贫,完成的用于产前诊断.  3.PCR-RFLP检测引起内切酶切点改变的突变诊断β地贫.突变位置内切酶切点影响βMnlⅠ丢失CD17MaeⅠ生成-29NIaⅢ生成CD43HinfⅠ消失TVS-1nt1BsPMⅠ消失CD41-42HinFZ酶解产物变化(二)突变性质不明β地贫的诊断  在β地贫中,尚有一部分人群的基因突变性质不明,但临床表现为β地贫则可用PCR-SSCP、PCR-DGGE、PCR-TGGG进行突变片段筛查,然后对异常的片段进行快速测定,以确定突变位置性质及β地贫的关系.  
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