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00g,0-4度洗涤离心2min。吸弃上清,沉淀用油泵抽干或打开盖子晾干后,溶于适当体积的缓冲液中。 单价阳离子盐溶液 贮存液(mol/L) 终浓度(mol/L)(醋酸铵* 7.5 2.0-2.5LiCl 8.0 0.8NaCl 2.0 0.2醋酸钠 3.0(pH5.2) 0.3*:当加醋酸铵时,需加入DNA液的V/2。单价阳离子盐的选择,主要基于下述考虑:用醋酸铵可减少dNTP的共沉淀,但在以后要作核酸的磷酸化时应避免用醋酸铵,因铵离子是T,多核苷酸激酶的强烈抑制剂。当用较高浓度的乙醇沉淀RNA时,常用LiCl,因LiCl在乙醇中溶解度很高,不随核酸共沉淀。含有SDS的核酸样品,应使用NaCl,这时该去垢剂要70%乙醇中仍保持可溶。DNA和RNA沉淀,大多使用醋酸钠(pH5.2 )。三、DNA、RNA的定量 准确的方法是紫外分光光度法。但本法要求核酸样品是纯净的(即无显著的蛋白质、酚、琼脂糖或其它核酸、核苷酸等污染物的制品)。用紫外分光光度计测定260nm和280nm两个波长处的光吸收,然后,按IA260相当于50μg/ml双链DNA。40μg/ml单链DNA或RNA及20μg/ml单链寡核苷酸。计算你的样品含量。260nm和280nm两处读数的比值(A260/A280),可反映核酸的纯度。DNA和RNA纯品的A260/A280的值分别为1.8和2.0如果样品中有蛋白质或酚的污染,则A260/A280将明显低于此值,此时就无法对样品中的核酸进行精确定量。可将样品纯化后再作定量测定。有丰富实验室经验的人,仅凭样品电泳后溴化乙锭染色萤光带的强度,即可大致判断出样品中的核酸含量,故他们常不作核酸的紫外分光光度法定量。四、核酸的凝胶电泳和分子量参照物(一)琼脂糖凝胶电泳 可用于分离、鉴定和提纯DN-段。本法操作简单、迅速,能分辨其它方法不能分开的DN-段混合物,分开的DNA可用低浓度的萤光染料(0.5μg/ml溴化乙锭)染色,在紫外灯下直接观察检测少至1ng的DNA。DNA通过琼脂糖凝胶的迁移率取决于以下参数:①DNA分子的大小:线奖双链DNA分子通过凝胶的速率与其分子量的常用对数成反比。据此用已知分子量的标准物质和待测分子量的DN-段同时电泳,比较其电泳速率,即可求出待测片段的分子大小。②琼脂糖浓度:给定大小的DN-段,以不同速度通过不同浓度的琼脂扩凝胶。因此利用不同浓度的凝胶,可分辨范围广泛,大小不同的DN-段不同浓度琼脂糖凝胶的分离范围浓度<%(w/v) 分离线状DNA分子的有关范围(Kb)0.3 5-600.6 1-20 0.7 0.8-10 0.9 0.5-71.2 0.4-61.5 0.2-32.0 0.1-2 ③DNA构型:相同分子量的闭环(Ⅰ型),开环(Ⅱ型)和线状(Ⅲ型)DNA,以不同速率通过凝胶,一般情况下,迁移率Ⅰ型>Ⅲ型>Ⅱ型。④应用的电压:在低电压时,线状DN-段的迁移率与所用电压成正比。但是压增高时,大分子量DN-段迁移率的增大是不同的,因此琼脂糖凝胶的有效分离范围随电压增大而减小。为了获得DN-段的最大分辨力,凝胶电泳时电压不应超过5V/cm。(二)聚丙烯酰胺凝胶电泳 可用于分析和制备小于1Kb长度的DN-段DNA在聚丙烯酰胺凝胶中的有效分离范围丙烯酰胺浓度<%(w/v)> 有效分离范围(bp)3.5 100-10005.0 80-500 8.0 60-400 12.0 40-20020.0 10-100聚丙烯胺凝胶多用垂直平板电泳,准备凝胶时,先配制30%单体母液(29克丙烯酰胺,1克双丙烯酰胺,加水溶解,定容至100ml),再用它来配制所需浓度的凝胶。每100ml上述液体加30μl四甲基乙胺(TEMED),混匀后即可灌注于予先准备好的洁净不渗漏的凝胶玻板,待凝胶灌至近顶端时,立即插入合适的“梳子”,放室温聚合60分钟,若冬天室温太低,则可放37度温温箱内,以促进聚合。聚合完成后,拔出“梳子”,将凝胶板固定于电泳槽中,向电泳槽倾入1×TBE,用滴管冲洗加样孔和凝胶底部以除去气泡,即可加样电泳。一般所用电压1-8v/cm,随时观察标记染米的迁移。在溶于1×TBE的聚丙烯酰胺中,标记染料迁移速率与下述DN-段的速率相同标记染料在PAG中的迁移*凝胶浓度(%) 溴酚蓝 二甲苯腈蓝3.5 100 4605.0 65 2608.0 45 16012.0 20 7020.0 12 45*这些数字是与染料共同迁移的DN-段的近似大小(以bp计)。电泳结束,从电槽中取出玻板并小心地撬开,凝胶浸于溴化乙锭液(0.5μg/ml1×TBE)染色,45min后放紫外灯下观察电泳结果。(三)分子量参照物 为了判断目的DN-段的大小,常在同一凝胶的目的DNA旁加一分子量参照物,同时电泳并染色后,就能在紫外灯下很快知道目的片段的大小。最常用的分子量参照物是 Hind Ⅲ消化物,各片段的大小以bp表示,分别为:23130,9416,6557,4361,2322,2027,564,125。 < 1 > < 2 >
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