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真菌大多数是由分支或不分支地菌丝、菌丝体构成。真菌的共同特征是：体内无叶绿素和其他荧光合作用的色素，不能利用二氧化碳制造有机物，只能靠腐食性或吸收营养方式取得碳源，能源和其他营养物质；细胞贮藏的养料是肝糖元而不是淀粉。真菌细胞一般都有细胞壁，细胞壁的主要成分是几丁质（Chitin）（低等真菌多为纤维素）。有记载的真菌约12万种。根据真菌的形态结构，繁殖方式及细胞壁的化学成分分为四个门：藻菌门，属低等真菌；子囊菌门、担子菌门属高等真菌；半知菌门是一类尚未发现有性生殖过程的高等真菌。⑴藻菌门（Phycomycetes），约有1500多种。本门主要特征是菌体为单细胞或由无隔多核的菌丝所组成。如常见的葡枝根霉（R.Siolonifer(Ehenbex.Fr)Vuill）、制腐乳的总状毛霉等。⑵子囊菌门（Ascomycetes）是真菌中最大的一门高等真菌，约35000种，主要特征是除少数原始种类为单细胞类型外，都是由有横隔的菌丝组成的菌丝体。例如酵母菌、红色面包霉、赤霉、冬虫夏草等。⑶担子菌门（Basidiomycetes）是高等真菌中的一类，约25000余种，主要特征是有担子（basidium），它能产生担孢子（basidiospores），每个担子上通常生长4个担孢子。最常见的有各种蘑菇、木耳、锈病菌等。担子菌没有单细胞类型，都是由多细胞的菌丝体组成的有机体。菌丝均有横膈膜。⑷半
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