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半知菌门（Deuteromycetes），约25000种，绝大多数种类为有隔菌丝组成的菌丝体，仅发现它们以分生孢子进行繁殖，尚未发现其有性生殖过程；有些种类仅发现菌丝，连分生孢子也未发现，故名半知菌。半知菌绝大多数是腐生，约1/3是寄生在人、动物和植物体内，可引起疾病，如人的头癣、灰指甲、脚癣（香港脚）等均是由半知菌类的菌株引起的。半知菌代表如曲霉、青霉、木霉等。青霉产生青霉素；黄青霉主要寄生在玉米、小麦等主要粮食作物上，产生的霉素可致小白鼠肝细胞癌变；黄曲霉产生黄曲霉素，可引发肝癌。⑸地衣门，地衣是真菌中的子囊菌和绿藻或蓝细菌的共生体，两者紧密结合，使地衣表现为单一的植物体。真菌依靠藻类或蓝细菌光合作用制造的有机物为养料；而藻类或蓝细菌得到真菌的支持和保护，并且真菌还可以从分化岩石中吸收微量元素。
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