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药用植物的不同器官与组织，可能表现出对有效成分不同的积累规律，从而导致有效成分在植株不同部位存在差异。有些药用植物不同的器官或组织中有效成分的分布差异较大， 用高效液相色谱法测定贯叶金丝桃（ Hypericum perforatum L. ）根、茎、叶、花、果实中金丝桃素的含量，结果表明花中含量最高，茎中含量甚微，因此药材采收在夏、秋两季开花时采割地上部分； 细辛来源于马兜铃科植物北细辛 Asarum heterotropoides Fr. Schmidt var. mandshuricum (Mixim.) Kitag. 、汉城细辛 A. sieboldii Miq. var. seoulense Nakai 或华细辛 A. sieboldii Miq. ， 研究表明细辛的地上部分含有一定量的马兜铃酸，而根和根茎中马兜铃酸类成分极微或几乎检测不到，因此《中国药典》（ 2005 年版）将细辛的药用部位从全草调整为根及根茎，确保细辛的用药安全。 麻黄与麻黄根虽然同出一种植物，但二者功效相反，早在《本草纲目》述 “ 麻黄发汗之气，驶不能御，而根节止汗 ” 。麻黄主要含有生物碱，即麻黄碱，具有发汗、平喘、利尿、抗炎、解热抗病毒、兴奋中枢神经系统以及升高血压作用；而麻黄根含有降压作用的麻黄根碱 A 、 B 、 C(ephedradine A, B, C) 。
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