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土壤条件是影响药用植物活性成分积累的较复杂因素。土壤的性质、 pH 值对植物的分布和生长都有一定的影响，甘草是钙质土壤的指示植物，它的分布基本上限于北纬 40o 的平行线两侧，东起我国的东北、内蒙，西至地中海沿岸。土壤环境对于甘草酸含量也存在影响，根据分析，各种土壤环境生长的野生乌拉尔甘草的甘草酸含量依次为栗钙土 > 棕钙土 > 风沙土 > 盐碱化草甸土 > 次生盐碱化草甸土 > 碳酸盐黑钙土。土壤中氮元素增加常可提高茄科植物生物碱的积累，氨态的氮肥施用能促进颠茄生物碱的合成，但施用碳酸铵则可使生物碱积累获得最大效益。土壤的湿度对药用植物活性成分的积累也有显著影响。栽培在沼泽地的缬草挥发油含量较干地的少，甚至完全不能产生挥发油。植物体内含有各种微量元素。这些微量元素也是植物生活中所必需的，实验证明某些微量元素在植物体内的积累除与土壤中这种元素的有无有关外，与土壤的湿度也有关。例如植物体内铜的含量可随土壤的湿度增加而减少，灌水中含氧量的增加也可增加植物体内铜的含量。牧草中锰的含量较高，而锰的含量和铁／锰比例又可随土壤湿度降低而减少。钼肥的施用可以提高洋地黄强心苷的含量。
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