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DNA 的提取是现代生物技术进行中药鉴别的最关键步骤。总 DNA 的有效提取要求材料中的 DNA 尽可能少的降解。但用于生药真实性鉴别的药材在干燥、加工、贮藏等过程中均造成了 DNA 不同程度的降解，一般 DNA 的含量也比较低。另外药材中次生代谢产物含量较高，干扰提取。另外也可能有微生物引起的外源 DNA 的污染。 从植物药材中提取 DNA 一般可分为两个阶段，第一阶段是植物细胞破裂后释放出 DNA 。若不能破碎所有的细胞或者在破碎细胞过程中 DNA 不能得到保护， DNA 的完整性和最后得率都会大大降低。第二阶段是 DNA 与其它细胞组分如蛋白质、碳水化合物、膜和细胞壁相分离，在这个阶段，重要的是要保证大量的 DNA 不能混杂在细胞碎片中， DNA 要与蛋白质和其它污染物完全分离，因为这些污染物的存在会干扰下一步的分析。 对于幼嫩器官的材料（鲜品或硅胶快速干燥样品），一般方法都可以得到质量符合要求的 DNA 。但对于中药材，情况则要复杂得多，需要针对具体材料，设计去除含酚羟基的化合物和多糖类化合物的方法。必要时，选择合适的试剂盒进一步纯化 DNA 。常用的 DNA 提取方法主要有 CTAB 法、高盐低 pH 法、尿素法和试剂盒提取等方法。 DNA 的质量将直接关系到实验的成败。不同的研究目的对 DNA 的纯度和量的要求不尽相同
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