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双链荧光素与之结合，经激发产生荧光，测定荧光强度，通过内标或外标法求出因数，可以准确定量。优点：简单易行，成本较低。缺点：荧光素的结合非特异，荧光素和引物二聚体等有结合，在低样本浓度时影响大，不能进行突变分析和双色分析。 方法2：杂交探针标记法 用荧光素标记在探针上，由探针与靶基因特异性结合成双链而产生荧光效应。上图所示是杂交探针标记法的一种，用两种荧光素标记两对探针。其中一种标记于3`端，一种标记于5`端，同时这两种荧光素其中一种所发荧光恰好是另一种的激发光。当其分散在液体中时，因为距离大，当一种产生的荧光不足以激发另一种的荧光，当与靶基因特异结合后，两者距离很小，故激发出另一种荧光。优点：减少了非特异性误差，可以进行双色分析和突变分析。 优点：定量PCR可以得出准确的定量结果，改变了PCR只用作微量物定性测定的历史，并可进行动态检测和病程疗效分析。同时让质控的建立成为可能，以保证结果的准确性。能对基因突变进行分析。
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