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叉反应会引起背景影响。为了降低背景，在多重标记过程中，所有的已标记的抗体应被吸附，避免其他种类蛋白的交叉反应以减少与这些从流式培养中产生的免疫球蛋白的结合。这些种类的蛋白存在于细胞表面或组织中，或额外加入的作为第一抗体和其他第二抗体的蛋白。交在多重标记过程中，通过使用来源于一个单个寄主个体的已标记抗体，多功能第一抗体和第二抗体的交叉反应也可以被吸附，以避免和其他寄主个体进行交叉反应来减少背景影响。
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