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目标花卉与花色之决定及其花色素生合成路径之分析︰利用基因工程技术进行作物品种改良与传统育种方法相同的是，首先须决定所要改良的花卉作物的种类及欲创造之花色。进而对目标作物色素生合成途径基因的功能及作用机制充分了解，探讨其色素生合成途径之生化或分子层次的缺陷，方能利用分子生物技术，将特定的花色基因，由另一物种分离，再转移至缺乏此基因的目标作物品种，突破种间杂交的障碍，创造新的花色品种。 基因来源物种之决定及目标基因之选殖与改造︰依据生物化学的分析结果选定具有目标花色之作物，做为花色基因的提供者，进行色素基因选殖，以获得该基因。例如，决定育成蓝色的菊花，必须从有蓝色花的作物，如爱丽斯、洋桔梗、飞燕草等花卉分离蓝色基因。 基因转殖载体之构筑︰因为基因无法单独进入植物细胞内，转殖载体可做为将基因由植物细胞外带入植物细胞核的交通工具。为此，我们所选殖的基因，必须经过各种基因操作技术，如接上激活子，使能激活基因表现；接上促进子或调节子等去氧核糖核酸片段，使目标基因更易于控制与表现后，再构筑于含有适当选拔标志或报导基因之转殖载体，方能进行基因转移。 将基因转移至目标花卉品种︰基因转移的方法有多种，主要有基因槍（枪）、农杆菌（Agrobacterium tumefaciens）及电穿孔法等。必须依据作物种类及再生特性，选择适当的基因转移系统，将经改造构筑于载体之基因，转移至目标作物。 转基因
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