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分别遵循一定的运行路线：人员：更衣--淋浴--更衣--清洁走廊--饲养室或动物实验室--污染走廊--洗刷消毒室--更衣--外部区域。 物品：包装--高压消毒（已包装消毒的可经传递窗，清结笼具经有消毒液的渡槽）--清结准备室--清洁物品储存室--饲养室或动物实验室--（污物经包装处理）污染走廊--外部区域。 动物：动物（带专用包装）--传递窗--检疫室--清洁走廊--饲育室或实验室--（实验后或生产供应）--（经包装）污染走廊--外部区域。 屏障系统 主要是用于SPF级动物的饲育。有正压屏障构造、负压屏障构造（生物安全屏障系统）也有用层流架（正压/负压）或隔离器作SPF级屏障系统。屏障系统设施，要求与外界隔离，空气经-过滤净化后才进入屏障设施之内，空气洁净度为10,000级。除生物安全屏障系统为负压以外，通常应保持为正压，且不低于20--50Pa;出风口设有防空气倒流装置。屏障系统设有清洁和污染走廊，进入系统的笼具、饲料、饮水、垫料、器械等一切物品都要经过严格的消毒灭菌，人员进入要经淋浴、更衣，使用专用的服装，进入的动物要有专用包装，也经严格的消毒处理。系统内的人员、物品和空气等采用单向固定的流通路线，有呼吸系统疾病和皮肤病的人员不能进入系统内。结构要求和进入系统内的人、动物和物品的运行等与亚屏障系统基本相同，但要求更为严格。隔离系统 主要设备是隔离器，分有正压和负压隔离器。隔离器及其辅助装置共同组成的隔离系统，用于饲养SPF动物、无菌动物和悉生动物。隔离器可置于亚屏障系统或开放系统内运转，如在开放系统内，则要严格控制系统内环境的温、湿度。操作时，工作人员只能通过隔离器上的橡胶手套来进行饲养或实验。物品是通过包装消毒后，由灭菌渡舱或传递窗传入;动物是经由无菌剖腹产的方法进入;进入隔离器的空气，应经高效过滤，保证隔离器内空气洁净度达100级，无菌并维持正压状态。根据实验需要也可维持负压状态，但需要配置空气排放装置，保证空气排放符合标准。另外，对实验动物设施的房舍设施的建设，如：地面、门窗、墙壁、天花板、走廊及空气净化调节设备与送排风系统等都有详细的要求，例如：地面要求平而不滑，一般不设排水口;墙壁要求保温和隔音，墙涂料耐酸碱，易于消毒清洗;有压力梯度的系统，门应开向压力高的一侧等。总之，设施建设是从质量控制要求的角度，考虑到操作和成本等因素来提出相应的要求。
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