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长片断的双链RNA (dsRNA) 导入例如植物，真菌，果蝇，线虫等生物的细胞中会引发同源mRNA的降解——这就是所谓的RNA interference (RNAi)。RNAi分两个步骤，首先是长片断双链dsRNAs被核酶Dicer切割成21—25个碱基的small interfering RNAs (siRNAs)。这些siRNA随后和相关蛋白组合成为RNA-induced silencing complex (RISC) ，这个复合物以同源mRNA为靶摧毁mRNA。两年前Elbashir and Tuschl用siRNA在哺乳动物细胞中成功引发特异基因的沉默，从此siRNA广泛应用于这个领域。 siRNA介导的基因沉默通常要求高度的序列专一。Tuschl和同事证实siRNA和mRNA之间一个碱基的错配都会导致基因沉默的失败，当然这并不排除由siRNAs 引发的非特异基因沉默。siRNAs也有可能会引发一系列的部分同源的mRNAs沉默，甚至有可能象超过30个碱基的长片断dsRNA一样通过引发抗病毒反应—— 一种通常由于机体对抗病毒入侵产生的反应，包括由蛋白激酶R和后继的EIF2a磷酸化激活的蛋白合成阻断，以及由 RNase L激活的非特异RNA降解。
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