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    放射性同位素标记的DNA序列测定分析

    μl,轻摇混匀,立即灌胶。3.质粒DNA碱变性液:NaOH 2M,NaAc 3M(pH4.8),无水乙醇,70%乙醇。4.T7测序试剂盒。二、操作步骤1. 测序板硅化,流水、ddH2O洗,无水乙醇洗,晾干。2. 灌胶:装好测序板,玻璃板以15-30°角度倾斜放置,用50ml注射器将凝胶灌到两块玻璃之间,将鲨鱼齿梳子的平端插入胶的上缘,深约0.5-1cm。夹好,将测序板放水平。聚合约3hr后预电泳。3. 预电泳:按照说明要求安装好电泳装置,在上槽和下槽注入1×TBE。设置温度50℃,功率100W,时间约30min。(同时准备测序反应)4. 质粒DNA双链碱变性:DNA 3-5μg溶于32μl ddH2O中,加2N NaOH 8μl,混匀,室温静置15min。加3M NaAc 7μl,无水乙醇120μl,混匀,-20℃放置30min。离心12000g× 15min,弃上清,70%乙醇500μl洗一次,离心12000g×7min。弃上清,晾干沉淀,10μl灭菌ddH2O溶解。5. 模板与引物复性:加2μl测序引物、2μl Annealing buffer, 混匀,稍稍离心,65℃温育 5min,立即放置于37℃10min,室温5min以上。6. 标记反应:加 3μl labeling mixture 、1μl相应放射性同位素(10μCi)、2μl T7测序酶(使用前以稀释液1∶5稀释),混匀,离心,置37℃5min。7. 预先准备四个0.5ml微量离心管,标上A、C、G、T,分别在其中加入2.5μl的ddATP、ddCTP、ddGTP、ddTTP。8. 链终止反应:在A、C、G、T四个微量离心管中分别加入反应液4.5μl,37℃ 5min。加入stop solution 5μl,短暂离心。9. 上样:关上预电泳电源,冲洗胶平面,将鲨鱼齿插入胶平面中约1-2mm形成加样孔。将四个反应管置80℃ 2min。立即取1.5-2μl加到加样孔上。10.电泳: 50℃,100W,电泳2.5hr后,暂停电泳,在预留孔二次上样后,继续电泳2.5hr。11.下胶:停止电泳,取下测序板,倒掉电泳缓冲液。拆开测序板,凝胶应粘在未硅化的的玻璃板上。裁一张比胶稍大一些的滤纸,平铺在胶上,掀起滤纸,凝胶就被一起掀起。12.压片:将凝胶盖上保鲜膜,用monitor测读放射强度,以估计曝光时 间。在暗室中覆上X光片,置暗夹中,-70℃放射自显影。13.洗片、读片:取出暗夹,回到室温。经D72显影、酸性定影液定影,水洗, 晾干。在X光片灯上读出序列。三、注意事项1. 测序板清洗、硅化的好坏直接影响灌胶及下胶。处理不好时容易导致灌胶时气泡的产生,下胶时则易使电泳胶损坏。2. 灌胶时要避免胶的渗漏;注射器将凝胶灌到两块玻璃之间时,注意速度的控制,防止气泡的产生。3. 测序反应及电泳上样时要注意小心操作,防止放射性同位素污染,同时要加强整个后续实验过程中自身的防护。4. 规范、妥善处理放射性同位素接触物品及废弃物。手工测序需要使用同位素,这给操作带来许多不便,对操作者也有一定的损害。DNA测序仪的出现解决了这一问题,它不使用同位素标记,自动化程度高,测序效果好。虽然DNA测序仪的价格目前仍比较高,但每次测序的花费并不算高,而且商品化服务也令人满意。
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