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用于合成cDNA第一链合成的引物没有很好退火 确定退火温度适合您的引物。对于随机六聚体，建议在反应温度保温之前先在25℃保温10分钟。对于基因特异性引物（GSP），可以试一下其他GSP，或换用oligo(dT)或随机六聚体确定GSP是反义序列。 起始RNA量不够 增加RNA量。对于＜50ng的RNA样品，可以在第一链cDNA合成中使用0.1μg到0.5μg乙酰BSA。 RNA模板二级结构太多 将RNA和引物在不含盐及缓冲液条件下变性/退火提高逆转录反应温度，对SuperScriptⅡ可以到50℃，对ThermoScript可以到65℃。注意：不要在＞60℃时使用oligo(dT)引物，选择一个在反应温度可以退火的GSP。对于＞1kb的RT-PCR产物，保持反应温度≤65℃。注意：不要在高于37℃时使用M-MLV。如果不需要全长cDNA，在第一链反应中使用随机引物。 引物或模板对残余的RNA模板敏感 在PCR前用RNaseH处理。 靶序列在分析的组织中不表达 尝试其他靶序列或组织 PCR没有起作用 对两步法RT-PCR，不要在PCR步骤中使用超过1/5的逆转录反应产物 PCR灵敏度：在琼脂糖凝胶分析中看到少量或没有RT-PCR产物 PCR引物设计较差 避免在引物3端含有互补序列。避免可以形成内部发卡结构的序列。设计Tm类似的引物。 DNA含有抑制剂 诸如DMSO，SDS和甲酰胺之类的试剂会抑制Taq DNA聚合酶。如果怀疑污染了抑制剂，可以使用乙醇沉淀DNA 富含GC的模板 对于GC含量＞50％的模板，使用PCRx Enhancer Solution。 模板浓度太低 使用10^4拷贝的靶序列，以在25到30个循环中获得信号。 镁离子浓度太低 从1mM到3mM，间隔0.5mM进行一系列反应，确定对于每个模板和引物对的最佳镁离子浓度。注意：对实时定量PCR，使用3mM到5mM的镁离子浓度。 退火温度太高 使用表4的公式估算Tm，把退火温度设定为低于Tm 5℃。因为这些公式只是估算Tm值，所有真正的退火温度实际会高些或低些。 PCR灵敏度：在琼脂糖凝胶分析中看到少量或没有RT-PCR产物 引物浓度太低 最佳引物浓度介于0.1μM到0.5μM之间。为了精确确定引物浓度，在260nm测量光密度，然后使用光吸收值和消光系数计算浓度。（见公式1，2） RT-PCR特异性：在琼脂糖凝胶分析中观察到非预期条带 引物和模板非特异性退火 在第一链合成中使用GSP，而不是随机引物或oligo(dT)。试用允许高温cDNA合成的GSP。 GSP设计较差 遵循用于扩增引物设计的同样原则 RNA中沾染了基因组DNA 使用扩增级DNaseⅠ处理RNA。使用没有逆转录的对照反应检测DNA污染。 形成引物二聚体 设计在3端没有互补序列的引物。 引物和模板非特异性退火 以2℃到5℃间隔增加退火温度，减少退火时间。在开始几个循环使用较高的退火温度，然后使用较低的退火温度。使用Platinum Taq DNA进行自动热启动PCR。避免在引物3端含有2到3个dG或dC。 镁离子浓度太高 对于每一个模板和引物组合优化镁离子浓度。 因为扩增复杂模板导致引物错误起始 使用巢式PCR或递减PCR。 沾染外源DNA 使用抗气雾剂的吸头和UDG（见第八章）。 因为二级结构导致引物结合位点无法接近 对于GC含量＞50％的模板，使用（1×-3×）PCRx Enhancer Solution。 PCR忠实性：PCR在产物序列中引入了错误 聚合酶忠实性低 使用带有校正活性的热稳定聚合酶，如Platinum Pfx DNA聚合酶。 循环数太多 降低循环数。 四种dNTP的浓度不同 制备新的dNTP混合物，保证四种核苷浓度相同。使用预混合物。 定量RT-PCR无扩增产量相对荧光信号小于等于背景或没有模板对照 无cDNA合成 cDNA合成温度太高 降低保温温度 反转录cDNA产物被二级结构封闭 提高保温温度。重新设计引物 RNA被损害或降解 必要的话更换RNA RNAse污染 维持无菌条件；加入RNase抑制剂 荧光探针无功能 确保探针设计的有效性和fluorophore和quencher的存在。用DNase处理TaqMan探针，校验荧光是否增强。必要的话设计和合成探针。 灵敏度低须在比预期更高的循环中检出产物 初始模板RNA不充分 增加模板RNA的浓度；使用10ng-1µg的总RNA RNA被损害和降解 必要的话更换RNA RNAse污染 维持无菌条件；加入RNase抑制剂 无效的cDNA 通过增加70％乙醇清洗的次数来去除制备RNA过程中的抑制剂 无效的PCR扩增 注意：反转录的抑制剂包括SDS、EDTA、胍盐、甲酰胺、磷酸钠和亚精胺调整cDNA合成温度或引物设计 信号高于预期在低于预期的循环中即可检出产物 反应中加的样品太多 降低模板的浓度 模板或PCR残余污染 隔离污染来源，更换试剂使用专用的精致移液器。在无DNA区域准备反应，使用抗气溶胶的吸头。 电泳后出现意外的条带 RNA被基因组DNA污染 用DNase I预处理RNA 用于第一链合成的寡聚dT或随机引物 使用基因特异性引物 PCR的低特异性 优化PCR条件
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