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多序列比对的数据库多序列比对的意义在于它能够把不同种属的相关序列的比对结果按照特定的格式输出，并且在一定程度上反映它们之间的相似性。多序列比对结果所提供的信息对于提高数据库搜索灵敏度也具有很大帮助。因此，方便实用的多序列比对数据库也就应运而生。目前，互联网上可用的多序列比对数据库已经不少。其中一些利用计算机程序将一次数据库按家族分类；另外一些则是通过手工或自动方法根据基因家族构建二次数据库。现在我们可以通过一些例子看看这些数据库序列比对的情况，比如说，Pfam是将一次库通过自动比对来构建的数据库，它将大量具有结构相似性的序列归为一类，比如各种不同种类动物的转铁蛋白的基因序列具有一定的相似性，Pfam将这些序列归为一类命名为TRANSFERRIN，我们可以在Pfam查找TRANSFERRIN来得到原始序列比对信息[链接，开头是一些注释信息，然后给出了比对序列的名字，再下是比对结果，以“//”开始，并以“//”结束。对于一个未知的蛋白质序列在该序列库中查询，该序列库会给出匹配的类及得分供你参考。1.4.1.4]我们也可以看看PRINTS数据库关于TRANSFERRIN的比对信息， PRINTS数据库在自动比对的基础上进行了手工编辑，查寻PRINTS数据库中关于TRANSFERRIN这一类的比对信息，结果可以用模体（motif）形式
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