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可使用蓝/白斑筛选法，在涂布有IPTG和X-Gal的筛选平板上，重组菌株为白色，未转入重组质粒的菌株为蓝色。 可对小量提取的质粒DNA做限制性酶切，采用天为时代公司的质粒提取试剂盒，可快速提取多个样本，而且由于提取的质粒纯度高，不会有酶切切不开，影响实验的情况。 也可直接用细菌菌落进行PCR反应，筛选存在目的片段的重组菌落。天为时代公司生产的一管便捷式PCR反应系统（MasterMix系列产品）特别适合这种方法。用灭菌的吸头挑取单个菌落到已加入MasterMix的PCR管中，加入特异引物，进行PCR扩增。扩增反应前在94℃变性5分钟，有利于细菌的裂解，提高PCR产物扩增的成功。将所得PCR产物在琼脂糖凝胶上检测扩增带。 另一种筛选重组菌落的方法是用插入片段特异引物进行菌落杂交。菌落生长后转移到固体支持物如硝酸纤维膜上，作原位裂解，使质粒附着到膜上，然后用核酸引物作杂交。多用于筛选稀有克隆菌落。
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