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在核酸分子杂交、DNA序列测定和通过PCR放大DN*段等实验中，都需要使用寡核苷酸作为探针或引物，而对这些反应的质量起最重要影响作用的，就是这些寡核苷酸探针或引物。用优化的寡核苷酸进行实验能够很快得到好的结果，而用不够合适的寡核苷酸时，常常得出似是而非的结果，不仅大大增加了后续实验的工作量，还可能一无所获。 怎样优化设计寡核苷酸呢?至少有下列几个方面的问题需要考虑。 1. 估测可能形成的DNA或RNA双链的稳定性 寡核苷酸，无论是DNA的或者RNA的，都有形成双链结构的潜在可能性，正如下面反复提到的，这种结构对寡核苷酸的作用有很大影响。所以，预测这种结构的稳定性对设计和优化寡核苷酸就很重要。在一个双链结构中，碱基对的相对稳定性是由其邻近碱基决定的。在热动力学中，这样的性质以双链形成时的自由能(ΔG)来表示。现在，大多采用 Breslauer等人提出的，以最接近的相邻核苷酸的动力学数值(自由能)来预测双链稳定性的方法。为简化起见，所有的计算都在25 ℃条件下进行。此时，最接近的相邻核苷酸的自由能是： 第一个(5′)核苷酸 第二个核苷酸 dA dC dG dT dA －1.9 － 1.3 -1.6 －1.5 dC －1.9 －3.1 －3.6 －1.6 dG －1.6 －3.1 －3.1 －1.3 dT －1.0 - 1.6 －1.9 －1.
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