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反相（RPC） 特异性结合 亲和（AC） 每一种方法都有分辨率、处理量、速度和回收率之间的平衡。 分辨率：由选择的方法和层析介质生成窄峰的能力来实现。总的来说，当杂质和目标蛋白性质相似时，在纯化的最后阶段分辨率是重要因素。 处理量：一般指在纯化过程中目标蛋白的上样量。如上样体积、浓度等。 速度：在初纯化中是重要因素，此时杂质如蛋白酶必须尽快除去。 回收率：随着纯化的进行渐趋重要，因为纯化产物的价值在增加。 在三阶段纯化策略中每一种方法的适用性见下表： 技术 主要特点 捕获 中度纯化 精制 样品起始状态 样品最终状态 IEX 高分辨率 高容量 高速度 ★★★ ★★★ ★★★ 低离子强度 样品体积不限 高离子强度或pH改变。 样品浓缩 HIC 分辨率好 容量好 高速度 ★★ ★★★ ★ 高离子强度 样品体积不限 低离子强度 样品浓缩 AC 高分辨率 高容量 高速度 ★★★ ★★★ ★★ 结合条件特殊 样品体积不限 洗脱条件特殊 样品浓缩 GF 高分辨率 （使用Supedex） ★ ★★★ 样品体积（<总柱体积的5%）和流速范围有限制 缓冲液更换（如果需要） 样品稀释 RPC 高分辨率 ★ ★★★ 需要有机溶剂 在有机溶剂中，有损失生物活性的风险 提示：1、 通过组和各种方法使纯化步骤之间的样品处理减至最少，以避免需要调节样品。第一个步骤的产物的洗脱条件应适宜于下一个步骤的起始条件。2、 硫酸铵沉淀是常用的样品澄清和浓缩方法，所以HIC是捕获阶段的理想方法。3、 GF很适宜在由浓缩效应的方法（IEX、 HIC、 AC）后使用，凝胶过滤对上样体积有限制，但不受缓冲液条件的影响。4、 在捕获阶段选择对目标蛋白具有最高选择性或／和处理量的方法5、 如果对目标蛋白的性质了解甚少的情况下，可采用IEX-HIC-GF的方法组合作为标准方案。6、 只要目标蛋白耐受的情况下，可以考虑采用RPC方法用于精制阶段。 注：应该指出，三阶段纯化策略不是说所有的策略都必须是三个纯化步骤。所用的步骤数目取决于纯度要求和蛋白的最终用途。附：纯化工艺路线
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