文中没有急于宣布眼色基因一定与性染色体相关联,只不过说,眼色基因的分离与两条性染色体的分离一致。他在该论文中的解释略显复杂,也存在一些细节上的错误,但结论是正确的。同年及翌年,摩尔根又连续发表了两篇论文,终于把基因与染色体的关系确定无疑地联系在一起了。
摩尔根指出:如果假定控制眼色的基因位于X染色体上,而Y染色体上则不带控制眼色的等位基因,那么实验结果就能得到完满的解释。红眼基因(+)是显性,带有红眼基因的X染色体用X+表示;白眼基因(w)是隐性,带有白眼基因的X染色体用Xw表示。基因型为XwY的雄果蝇,由于Y染色体上没有控制眼色的基因,隐性基因得以表现,所以是白眼果蝇。当白眼雄果蝇与野生型雌果蝇X+X+杂交,子一代的基因型是X+Xw和X+Y,即雌雄果蝇都为红色复眼,且雌果蝇是杂合体。子一代个体相互交配,结果是在子二代中有3/4是红眼果蝇,1/4是白眼果蝇。雌果蝇全为红色复眼,但其中有一半是纯合体,另一半为杂合体。雄果蝇则红眼、白眼各占一半。
前面已经谈到,将遗传物质与染色体联系在一起,在耐格里、魏斯曼时就早已有之,鲍维里、德弗里斯和萨顿甚至把这种联系描述得十分详细。但这些人所谈的联系都仅仅是推测,并没有将某一个具体的基因定位在某一条染色体上。摩尔根却做到了这一点,他把红眼等位基因和白眼等位基因定位在X染色体上,并用实验证实这些基因是由X染色体携带着遗传的,这就使基因在染色体上的假说有了坚实的基础,而且还是把一个特定的基因(白眼基因)归属到一条特定的染色体(X染色体)上,更有甚者,这条特定的染色体还与性别有关。
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