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孟德尔所说的遗传因子具有颗粒性与独立性，不同的遗传因子在细胞中并不相互融合，形成生殖细胞时成对的遗传因子会相互分离。这种颗粒性遗传思想，使人们摒弃了以前长期流传的融合式遗传概念，这是孟德尔在科学思想史上的一项重大贡献。
孟德尔从3:1这样简单的整数比得到遗传因子具有颗粒性的概念。这种从整数比到颗粒性的逻辑推理，很可能受到过英国化学家道尔顿（J·Dalton，1766-1844）的思想影响。1807年，道尔顿发现化学中的倍比定律，即两种元素化合成多种化合物时，与定量甲元素化合的乙元素，其质量成简单的整数比，由此道尔顿推论元素由微观颗粒——原子组成的思想，并认为分子由原子组成，得出著名的“原子-分子论”。
在孟德尔之后，1900年，德国物理学家普朗克（M·Planck，1858-1947）提出，只有当振子能量为某一常量的整数倍时，黑体辐射理论中的种种困难才能消除，从而推论微观形式的能量以颗粒性方式（量子）存在，创立量子论。这也是一个由整数比到颗粒性的逻辑推理的著名例子。
在揭示了一对相对性状的遗传规律（分离规律）之后，孟德尔就进一步研究两对相对性状的遗传。孟德尔发现，具有两对不同相对性状的亲本豌豆杂交所得的子一代，两对相对性状都只表现显性性状，但在子一代自交所得的子二代中，出现了4种不同类型，其中两种是两个亲本分别具有的性状组合，另外，还出现了不同于亲本的两种重新组合。孟德尔由此推论，在体细胞形成生殖细胞时，不同对的遗传因子可以自由组合。这就是我们今天所说的遗传的自由组合规律或孟德尔第二定律。
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