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用电子显微镜观察的样品也要经过认真细致的处理，以至于今天出现了一门非常有用的技术科学—电子显微镜学。电子显微镜观察样品的方法很多，基本上可以分为透射型和扫描型两类。前者是电子流通过观察样品而形成图象；后者则是用来观察微生物的表面细节，分辨率大约在7纳米左右。待观察的样品则必须进行相当复杂的处理，而且有些处理方法是和用光学显微镜观察时很不相同的，因为在进行电子显微镜观察时受到一些特殊限制。首先，由于样品处于高真空环境中，样品必须尽可能保持原状，所以微生物样品要进行固定和脱水处理；第二，要使电子束全部透过样品，所以样品必须尽可能薄；第三，为了便于观察，图象的反差要大，光学显微镜是靠光的吸收差异来达到，而电子显微镜则靠电子散射程度，决定电子散射程度的是元素的质量和厚度，为此常用重金属处理，例如金、铂等处理。
投射电子显微镜的观察样品的主要制备方法是：
 1、投影法。在真空条件下，用电子散射能力强的重金属原子来喷镀样品表面，这样在样品和没有喷镀的区域形成了较强的反差，而没有
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