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显微镜的问世使人类开始认识微生物，然而在对微生物的生命活动和功能有所知晓之前，微生物学并没有诞生。促使微生物学迅速诞生的，是无菌操作技术和纯培养技术。
微生物是从哪里来的？在列文虎克发现微生物后，这些成了当时人们关心的问题。有些人认为是从没有生命的物质“自然发生”的，这就是古已有之的观点，叫做自然发生论。由于对自然现象的无知，自然发生论者认为破布中会自然产生老鼠，污泥中会生出泥鳅，我国古代也有“腐草化为萤”的说法。虽然后来没有多少人再接受这种观点，但这时又有人重新提出微生物是自然发生的说法来了。1749年，英国神父尼德汉发表文章，证明微生物可以自然发生。意大利科学家斯巴兰让尼马上就指出他的实验有许多漏洞，并且证明任何一种肉汤或菜汁，在充分煮沸并且密封后，只要里面没有活的微生物，就不会腐败。看来争论该结束了。可是，18世纪末发现了氧气，大家公认没有氧气生物就不能生活，于是又有些顽固的自然发生论的信徒出来辩解，他们说斯巴兰让尼在把液体煮沸并密封后，因为也把氧气赶走和隔绝了，所以微生物缺少营养而不能生长，并不是消灭了微生物本身。最后，在1861年，伟大的微生物学家巴斯德做了一个有名的实验，从此结束了绵延100多年的争论，把自然发生论赶出了科学界。
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