最先发现的喜好高温的古生菌来自美国黄石公园。古生菌的生活环境常常是极端环境,即普通常见的生物是很难生存的高温、强酸强碱或盐浓度很高的环境中。例如温度超过100℃的深海地表的裂缝处、温泉、以及极端酸性或碱性的水中。它们还存在于牛、白蚁和海洋生物的体内并且在那里产生甲烷。它们生长在没有氧气的海底淤泥中,甚至生长在沉积在地下的石油中。某些古菌在晒盐场上的盐结晶里生存。
对光敏感的菌红素使盐杆菌带有美丽的红色,菌红素可以将太阳的光能转变为古菌生活所需要的化学能。便用来合成作为细胞能源的ATP。菌红素是一种蛋白质,在化学结构上和脊椎动物视网膜
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