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细菌毒素种类很多，而且，科学家们还在以相当快的速度陆续发现新的毒素。随着生物医学技术的发展，许多毒素的致病性及致病机理逐步弄清。毒素之间还有复杂的关系。
除了分成内毒素和外毒素两大类外，对毒素的分类还有各种方法。因为外毒素的危害远比内毒素强，所以以下分类主要是指外毒素。
1）根据寄主细胞和靶器官类型分类。可以按照毒素作用的寄主细胞和靶器官类型分类，例如：细胞毒素、作用于神经细胞和器官的神经毒素和白细胞毒素；也可以根据产生毒素的微生物命名，像绿脓杆菌产生的毒素就叫绿脓外毒素A；或根据毒素所致疾病的名称命名，如霍乱毒素、痢疾毒素和破伤风毒素等。
2）根据毒素的结构和功能分类。根据外毒素的结构和功能可分为3个类型：A—B毒素、膜损伤毒素和超抗原毒素。
A—B毒素。毒素由A、B两个部分构成，多数细菌毒素属于此类。A部分具酶活性，B部分起结合作用，A—B部分之间的结合可用酶切开，但两部分仍以二硫键(一S—S一)连接。A部分进人到寄主细胞时，一S—S一键打断，A部分与B部分脱离，B部分进入细胞质中。
膜损伤毒素。该类毒素也有两种不同作用机理，一种为蛋白质毒素插入到寄主细胞质膜，形成腔或孔直接同细胞质连接。因为细胞内细胞质的渗透压比外环境高，寄主体内组织中的水
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